Ich habe dasselbe Problem mit den doppelten Verzeichnissen seit der Umstellung auf Owncloud 4.03.
Ich kann ebenfalls in der Datenbank die oc_fscache leeren, dann ist erstmal wieder alles schick.
Nach ein paar Anmeldungen jedoch sind die Sync Verzeichnisse wieder doppelt und ich muss wieder den cache leeren. Was das Arbeiten nicht sehr praktikabel macht. Gibt es noch eine andere Lösung?