Bei uns trat das selbe Problem auf, woraufhin ich die daten gesichert habe und Owncloud gelöscht. Danach owncloud neu „installiert“ und die Daten importiert.
Allerdings hab ich das gefühl, dass die Freigaben ab einer gewissen Anzahl an Usern/Dateien Probleme bereiten.
(wir setzen 1 User als Verteiler ein um die Rechte besser in den Griff zu bekommen bei verschiedenen Usern)